非典型性增生的治疗取决于病变的程度。对于轻度病变，一般不需要治疗，但应定期进行随访。但是，对于中、重度病变，由于很难通过自体清除，因此需要进行相应的治疗。临床上治疗中、重度病变的方法一般分为两大类：物理疗法和手术切除。

物理治疗：包括激光治疗和冷冻治疗，通过加热或冷冻破坏异常增生组织。

手术切除：通过手术将异常组织切除。切除的组织也可以用于病理学进行组织诊断(因此也被称作是活检)。