应用抗生素应注意药物引起的过敏反应、毒性反应及二重感染。过敏反应形式多样，轻者可出现皮疹、药物热、血管神经性水肿，严重者哮喘，甚至出现过敏性休克。毒性反应可见由氯霉素引起的再生障碍性贫血，庆大霉素等引起的耳聋等。由于抗生素应用后杀灭或抑制了敏感细菌，未被抑制的菌种可大量繁殖，发生菌群紊乱，因而在用药过程中有可能出现霉菌、耐药菌等引起的二重感染，此种感染可为较轻的局部，如口腔、胃肠道的感染，亦有可能发展为败血症，甚至危及生命。