肛瘘经长期临床观察，绝大多数的肛瘘是不会发生癌变，但极少数肛瘘可发生癌变。其原因是：⑴长期慢性炎症刺激，有时会导致组织异型增生，进一步发展会发生恶性变。⑵有些细菌感染，如绿脓杆菌或结核杆菌感染缠绵不愈，有导致癌变的可能。⑶长期大量使用各种外用药，可能会导致癌变。尽管癌变的发生率低，但一旦发生其危害较大。因此，发生肛瘘应及时治疗，杜绝癌变的发生。