简单地说是因为细菌感染后化脓引起的。

⑴肛门腺感染：肛门腺开口于肛管直肠交界处的肛窦内，肛窦呈漏斗状向上开口，易受损伤及细菌的侵入而引发感染。肛窦一旦感染后，会引起肛门腺感染化脓，炎症向肛周的间隙内扩散。因为肛周间隙抵御感染的能力差，感染易于在这些间隙中扩散。

⑵全身抵抗力下降：如糖尿病、年老体弱、过度疲劳以及结核患者的抵抗力下降，容易发生肛周脓肿。

⑶肛门局部刺激和损伤：如经常吃辣椒、喝酒等刺激性食物会导致肛管直肠局部充血，局部抵抗力降低而易发感染。另外，干硬的粪便擦伤肛管皮肤粘膜，腹泻患者的稀粪落在肛窦内导致肛门腺管阻塞，以及肛门直肠外伤或被随食物吞咽下的鸡、鸭、鱼骨刺伤肛管直肠等，均可导致肛门直肠周围发生感染而形成肛周脓。

肛周脓肿早期可服用抗生素和内服清热解毒的中药以及外敷清热解毒、消痈散结的中药药膏等，可使炎症得到控制，不再继续扩大。但这类病例尽管局部肿痛的症状可以减轻甚或消失，但往往都会再发，仍需手术治疗。其治疗原则是肛周脓肿一旦成脓宜早期切开排脓。 肛周脓肿治疗不彻底会形成肛瘘。  肛周脓肿绝大部分是因肛门腺感染化脓后向周围扩散而成，因此外科手术治疗时如不将感染的肛门腺及肛窦处理，肛周脓肿就得不到根治而发展为肛瘘，其实两者是一个病的不同阶段的表现。