由于微生物广泛地分布于自然界，故在人体皮肤、粘膜以及与外界相通的腔道（如口腔、鼻咽部、肠道及泌尿生殖道等），均存在着一定数量和一定种类的微生物群，包括细菌、放线菌、螺旋体、支原体、真菌、原虫等。故习惯称之为正常菌群。正常菌群在人体一定组织器官内定居，在长期的种族发展进化过程中，正常菌群与宿主，正常菌群内部，以及正常菌群、宿主和环境之间呈动态平衡状态，形成一个相互依存，相互制约的统一体。在正常状态下，正常菌群对宿主不致病。当人的免疫力降低，健康状况不良时，可以起生态失调，正常菌群会遭到破坏，发生定位移植或一些菌过分增殖，而导致疾病的发生。